株式保有特定会社の判定基準が変わりました
国税庁は、平成25年5月27日、改正通達により、大会社の株式保有割合による株式保有特定会社の判定基準を「25％以上」から「50％以上」に改正しました。
取引相場のない株式の発行会社の中には、類似業種比準方式における標本会社である上場会社に比べて、資産構成が著しく株式等に偏った会社が見受けられます。このような会社の株式については、一般の評価会社に適用される類似業種比準方式により適正な株価の算定を行うことが期し難いものと考えられることから、財産評価基本通達（以下「評価通達」といいます。）189（（特定の評価会社の株式））（2）では、株式保有割合（評価会社の有する各資産の価額の合計額のうちに占める株式等の価額の合計額の割合）が25％以上である大会社を株式保有特定会社とし、その株式の価額を類似業種比準方式ではなく、原則として純資産価額方式で評価することとしていました（評価通達189-3（（株式保有特定会社の株式の評価）））。
しかし、東京高等裁判所平成25年2月28日判決（以下「高裁判決」といいます。）において、この株式保有特定会社の株式の価額を原則として純資産価額方式により評価すること自体は合理的であると認められるものの、平成9年の独占禁止法の改正に伴って会社の株式保有に関する状況が、株式保有特定会社に係る評価通達の定めが置かれた平成2年の評価通達改正時から大きく変化していることなどから、株式保有割合25％という数値は、もはや資産構成が著しく株式等に偏っているとまでは評価できなくなっていたといわざるを得ないと判断されました。
この通達改正は、判決に伴うものであるため、過去に遡って改正後の通達を適用することにより、過去の相続税等の申告の内容に異動が生じ相続税等が納めすぎになる場合には、国税通則法の規定に基づき、この通達改正を知った日の翌日から2月以内に所轄の税務署に更正の請求をすることにより、当該納めすぎとなっている相続税等が還付となります。
なお、法定申告期限等から既に5年（贈与税の場合は6年）を経過している相続税等については、法令上、減額できないこととされています。